根据所学知识可知，1953年我国开始了大规模的经济建设，需要大量的专业人才，因此“1952年后，内蒙古自治区有关部门在呼和浩特市建立了一批高等学院”的主要原因在于为经济建设培养专门人才队伍，C项正确；
“彻底改变原有不合理区域布局”夸大了建立高等院校的作用，排除A项；
材料未反映对旧教育的整顿和改造，排除B项；
1952年国民经济恢复工作基本完成，排除D项。
故选：C。
根据所学知识可知，1953年我国开始了大规模的经济建设，需要大量的专业人才，因此“1952年后，内蒙古自治区有关部门在呼和浩特市建立了一批高等学院”的主要原因在于为经济建设培养专门人才队伍，C项正确；
“彻底改变原有不合理区域布局”夸大了建立高等院校的作用，排除A项；
材料未反映对旧教育的整顿和改造，排除B项；
1952年国民经济恢复工作基本完成，排除D项。
故选：C。
