丽江市妇幼保健院承担着丽江市预防艾滋病、梅毒、乙肝母婴传播，“降消”项目，农村孕产妇住院分娩补助以及重大公共卫生妇幼专项的指导工作。是一所集保健、医疗、教学、科研、培训、健康教育、社区卫生为一体的综合性妇幼保健机构，属国家级“爱婴医院”、省级“二级乙等妇幼保健院”、“文明妇幼保健院”、国家园林单位，为全市妇幼卫生业务指导中心。截至2012年2月，丽江市妇幼保健院下辖一区四县5家妇幼保健机构、62个防保组、426个村卫生室。区县保健院有专技人员206人，乡级妇幼专干74人，女村医498人，接生员369人。
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